Согласно монастырскому преданию Иоанно-Предтеченский княжеский монастырь был основан в первой половине XIII века дочерью полоцкого князя Рогволда Борисовича, теткою князя Довмонта Псковского и супругой псковского князя Ярослава Владимировича Евфросинией Рогволдовной (в иночестве – Евпраксией). В 1243 году Ярослав пригласил ее на свидание в ливонский городок Одемпе (Медвежья Голова), где она была убита своим пасынком, сыном Ярослава от первой жены (8 мая). Тело Евпраксии было привезено во Псков и погребено в основанной ею обители.
В XIII веке Иоанно-Предтеченский монастырь находился под покровительством княжеской семьи Довмонта. Это был монастырь псковских княгинь. Жена Довмонта Марфа приняла монашеский постриг в Иоанно-Предтеченском монастыре, где и умерла в 1300 году. В 1487 году в монастыре была погребена супруга псковского князя Ярослава, умершая во время моровой язвы.
А в феврале 2007г. церковь и флигель были переданы Иоанно-Богословскому монастырю в Крыпецах в качестве псковского подворья. С этого момента открывается новая страница в истории храма.
Если не считать Снетогорского монастыря, то Ивановский храм - единственный в городе, где службы проходят в полном соответствии с монастырским уставом: строго, в полном объеме.